患者问甲胎蛋白的临床意义，甲胎蛋白常用来帮助慢性肝病患者评估肝癌的风险，这是种新的测试，但是，没有得到广泛使用，其终的临床应用仍有待确定。
甲胎蛋白水平的增加可能表明癌症的存在，常见的是肝癌，卵巢癌，癌症，和睾丸生殖细胞肿瘤。然而，并非每一个肝脏，卵巢，睾丸癌会产生大量的甲胎蛋白水平升高，有时可看见，如胃癌，结肠癌，肺癌，乳腺癌等癌症，淋巴瘤使甲胎蛋白水平也升高。如肝硬化，肝炎的其他疾病也可能导致水平的提高。
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甲胎蛋白是作为一个监测工具，甲胎蛋白水平由升高变降低显示出治疗的效果。如果治疗后甲胎蛋白水平没有明显下降，那么临床上通常认为肿瘤组织在人体中可能仍然存在。如果浓度由降低到在增加，那么它可能是癌症反复的标志。所以甲胎蛋白的临床意义就是判断癌症可能性，监测或反复监测。
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当甲胎蛋白显着升高13％，那么在未来一年或两年肝癌的风险增加。然而，无论甲胎蛋白升高，波动，还是降低，都需要在实际测试其他数据共同考量已确定到底是哪种疾病。
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